医療費控除とふるさと納税は 併用可能 です。ただし注意点があります。
ワンストップ特例は使えなくなる
ふるさと納税のワンストップ特例（5自治体以下なら確定申告不要で住民税控除される制度）は、確定申告した時点で無効化 されます。医療費控除を申告する場合は、ふるさと納税分も確定申告書に記載する必要があります。
控除上限への影響
医療費控除を申告すると課税所得が減るため、ふるさと納税の 実質控除上限額 も減少します。
例：
- 課税所得 400万円 → ふるさと納税の上限目安 約 6.6万円
- 医療費控除 20万円申告 → 課税所得 380万円 → 上限目安 約 6.2万円
申告手順
- 確定申告書に医療費控除を入力
- 同じ申告書に「寄附金控除」（ふるさと納税）を入力
- 寄附金受領証明書を保管（電子の場合はマイナポータル連携で取得可）
マイナポータル連携が便利
令和7年（2025年）以降、楽天ふるさと納税などのふるさと納税ポータル → マイナポータル → e-Tax の連携で寄附データを自動取り込みできます。医療費通知データと併せて、確定申告書等作成コーナーで一気に処理できます。
注意：ワンストップ特例で出した分も再申告が必要
ワンストップ特例の申請書を自治体に出していたとしても、確定申告するとその効果は消滅します。ふるさと納税分すべて を確定申告に含める必要があります。漏らすと税控除が受けられません。
試算できる
医療費控除の還付見込みは本サービスで瞬時に試算できます。ふるさと納税の実質控除上限の変化も、シミュレーション結果から計算できます。